A reformáció idejének talán legfontosabb kérdése a tekintély kérdése volt. Melyik a legfőbb tekintély: az Egyház vagy a Biblia? Vajon Isten igéje hozta létre az Egyházat, vagy az Egyház hozta létre Isten igéjét? Az Egyház a Biblia megfellebbezhetetlen értelmezője, vagy a Biblia az Egyház megfellebbezhetetlen kritikusa? A reformátorok elutasították Rómának azt az igényét, hogy a Szentírás csalhatatlan – és megkérdőjelezhetetlen – magyarázója legyen. A Bibliának nincs csalhatatlan magyarázata. Van jó és rossz exegézis, de nincs olyan értelmező tekintély, mely ne tévedhetne, és amelyet szükség esetén ne kellene jobb belátásra bírni – éppen a Szentírás alapján. De ki dönti el – kérdezték sokan –, hogy melyik értelmezés helyes és melyik helytelen? Mindenki úgy magyarázhatja ezután a Bibliát, ahogy neki tetszik? Mi van az egyházatyák tekintélyével, a zsinatok határozataival és a hagyományokkal, melyek az egyház közösségi értelmezésében kulcsfontosságú szerepet töltöttek be?

A protestáns hitvallások igyekeztek tisztázni a Biblia és a másodlagos tekintélyek kapcsolatát. A Heinrich Bullinger által szerkesztett és a svájci reformált egyházak által általánosan elfogadott II. Helvét hitvallás külön fejezetet szánt a Szentírás magyarázatával kapcsolatos kérdéseknek. A hitvallás második fejezetének címe: A Szentírás magyarázata, az egyházatyák, zsinatok és hagyományok. A fejezet tartalmát szó szerint idézem:

„1.  A  Szentírás igaz magyarázata. Péter apostol azt  mondotta, hogy a Szentírás nem magyarázható egyéni tetszés szerint (2Pét 1,20). Ezért nem helyeselünk akármilyen magyarázatot. Nem ismerjük el tehát a Szentírás igaz vagy helyes magyarázatának azt, amelyet a római egyház szerinti értelmezésnek neveznek, s amelynek elfogadását a római egyház védői mindenkire egyszerűen rá akarnak erőszakolni. A Szentírásnak csak azt a magyarázatát ismerjük el igazhitűnek és helyesnek, amelyet magából a Szentírásból vesznek (tudniillik az eredeti nyelvek szellemében, a körülmények megfontolásával, valamint a hasonló vagy eltérő, több és világosabb szentírási helyek figyelembevételével), amely a hit és a szeretet szabályával megegyezik s főképpen Isten dicsőségére és az emberek üdvösségére szolgál.

2.  Az egyházatyák magyarázatai. A görög és latin egyházatyák magyarázatait nem vetjük meg, és a szent dolgokról szóló vitairataikat és értekezéseiket nem utasítjuk vissza, ha azok megegyeznek a Szentírással. Ám illő tisztelettel elfordulunk tőlük, amikor észrevesszük, hogy az Írásoktól idegen vagy azokkal ellentétes dolgokat tanítanak. Úgy gondoljuk, hogy ebben a dologban részünkről semmi sérelem nem éri őket, hiszen mindnyájan egyhangúlag azt akarják, hogy írásaikat ne tekintsük a Szentírással egyenlőnek, sőt felszólítanak, hogy vizsgáljuk meg: egyeznek-e azzal vagy sem, és meghagyják, hogy az egyezőket fogadjuk el, az eltérőktől pedig forduljunk el.

3. A zsinatok. Hasonló elbírálás alá esnek a zsinatok végzései vagy kánonai is. Ezért nem tűrjük, hogy a vallás és a hit vitás kérdéseiben pusztán az egyházatyák megállapításaival vagy a zsinatok határozataival zaklassanak bennünket. Még kevésbé tűrjük, hogy a bevett szokásokkal, az egy véleményen levők sokaságával vagy régi eredetű szabályokkal érveljenek ellenünk.

4. Ki a döntőbíró? A hit dolgában tehát nem fogadunk el más döntőbírót Istenen kívül, aki a Szentírás által jelenti ki, hogy mi igaz, mi hamis, mit kell követnünk, vagy mit kell kerülnünk. Így csak a lelki embereknek Isten igéjéből vett ítéleteiben nyugszunk meg. Jeremiás és a többi próféta súlyosan elítélte az Isten törvénye ellenére egybehívott papi zsinatokat, és buzgón intett, hogy ne hallgassunk azokra az atyákra és ne lépjünk azok nyomdokaiba, akik saját elgondolásaikat követve Isten törvényétől elhajlanak.

5. Az emberi  hagyományok. Hasonlóképpen  elutasítjuk  az  emberi  hagyományokat, amelyeket ugyan tetszetős jogcímekkel ékesítettek fel, mintha isteni és apostoli eredetük volna, s amelyeket az apostolok élőszóval, az apostoli férfiak pedig mintegy kézről kézre, az egymást követő püspökök útján adtak volna át az egyháznak – viszont a Szentírással összehasonlítva, attól eltérnek, és éppen eltérésükkel teszik nyilvánvalóvá, hogy mennyire nem apostoli hagyományok. Amint ugyanis az apostolok nem tanítottak egymástól eltérő dolgokat, ugyanúgy az apostoli atyák sem hirdettek az apostolokkal ellenkezőket. Egyenesen istentelenség volna azt állítani, hogy az apostolok élőszóban saját írásaikkal ellenkező dolgokat tanítottak. Pál világosan mondja, hogy ő minden gyülekezetben ugyanazt tanította (1Kor 4,17). Másutt ezt mondja: Mert nem egyebet írok néktek, hanem amit olvastok vagy el is ismertek (2Kor 1,13). Máshol ismét arról tesz bizonyságot, hogy ő és tanítványai, vagyis az apostoli férfiak ugyanazon úton járnak, és ugyanazon lélek szerint mindent egyformán cselekszenek (2Kor 12,18). Hajdan a zsidóknak is voltak ősi hagyományaik, de azokat a mi Urunk erősen megcáfolta, kimutatva, hogy megtartásuk ellenkezik Isten törvényével, és velük hiába tisztelik Istent (Mát 15,1–9; Márk 7,1–13).”