Bár Athanasziosz a „homousziosz” (egylényegű) kifejezés védelmezőjeként vált ismertté, biblikus gondolkodása pedig a reformátorok biblicizmusával is vetekedett, az alexandriai püspök tisztában volt azzal, hogy az evangéliumi, apostoli hit iránti hűség nem pusztán bibliai szavak szajkózásából áll. Egyrészt azért nem, mert teológiai ellenfelei, a Krisztus örök istenségét tagadó ariánusok is használtak bibliai szavakat, csak éppen egészen mást értettek alattuk. Másrészt azért nem, mert bibliai igazságokat ő is csak nem-bibliai kifejezésekkel tudott megvédeni, amikor ellenfelei bibliai kifejezéseket használtak eltérő tartalom megjelölésére. Harmadrészt: Athanasziosz felismerte, hogy más-más terminológia mögött viszont időnként ugyanaz a meggyőződés áll.

Az ariánusokkal az volt az egyik legnagyobb baj, hogy ritkán mondták ki, amit tényleg gondoltak. Bibliai szavak mögé bújtak, pedig egészen mást értettek a bibliai kifejezések alatt, mint az apostolok. Athanasziosz tisztában volt azzal, hogy ha meg akarja cáfolni az ariánusokat, nem-bibliai kifejezéseket kell keresnie, amelyek rámutatnak a valódi teológiai különbségekre. Ilyen kifejezés volt a „homousziosz” szó, melyet a Niceiai zsinat használt, Athanasziosz pedig védelmébe vett. Az ariánusok azzal vádolták a Niceai-hit képviselőit, hogy nem bibliai kifejezést használnak. A Nikaiai zsinat határozatairól c. könyvében Athanasziosz válaszol a vádra. Az ariánusok „harcot kezdtek Isten ellen az írásban nem szereplő kifejezések miatt. Pedig bárki, aki helyesen gondolkodik, be kell, hogy lássa, hogy a kifejezések, jóllehet az írásokban így nem szerepelnek… mégis a Szentírásból vett tanítást tartalmazzák” (Szent Athanasziosz művei, 350) „[A]zzal vágnak vissza: akkor… Jézus Krisztusról is ugyanúgy csak azt lehet mondani, ami benne van a Szentírásban, és nem szabad nem szentírási kifejezésekkel élni. Én magam is mondom, hogy ez lett volna a legjobb! Az igazság legmeggyőzőbb érveit ugyanis inkább a Szentírásból nyerhetik mint máshonnan. Az euszebiánusok [ariánusok] ravaszsága és álnoksággal párosult csalárd istentelensége azonban… elkerülhetetlenné tette, hogy a püspökök világosabb szavakkal fejtsék ki az ő vallástalanságuk cáfolatát.” (366-7) „[A] vallásosság Istennek tetsző, még akkor is, ha valaki új kifejezéseket használ, mindaddig, amíg az így beszélő gondolata megfelel a hitnek, és annak megfelelően akarja magát kifejezni a szavakkal.” (345)

Athanasziosz tudta, hogy az ariánusokkal kapcsolatban az a fránya i betű (amit Madách Az ember tragédiájában kifogásolt) világokat választ el egymástól. Amikor az ariánusok a „homousziosz” (egylényegű) szó helyett a „homoiusziosz” (hasonló lényegű) szót erőltették, Athanasziosz értette, hogy az eltérő szóhasználattal ők a Fiú örök istenségét tagadták. Éleslátását bizonyítja, hogy nem engedett a Niceai zsinat szóhasználatából sem a császár, sem későbbi zsinatok, sem a püspökök nagy többségének nyomása ellenére sem. Athanasziosz nagyságát azonban nem is ez bizonyítja igazán. Hogy Athanasziosz rendkívüli egyházatya volt, azt még jobban megmutatja, hogy a szóhasználat mögött képes volt észrevenni a valódi üzenetet akkor is, ha a terminológiai különbségek ellenére a teológiai mondanivaló lényegileg megegyezett az övével. Nem csak azt ismerte fel, ha bibliai szavak mögött az apostoli szándéktól eltérő fogalmat értettek, de azt is, amikor különböző kifejezések mögött ugyanaz a tartalom húzódott!

A kereszténység történetében – a magyar evangéliumi világ közelmúltjában is – megfigyelhető az a jelenség, hogy amikor egy keresztény vezető évtizedeken át harcol egy ügyért, és az identitása is összeforr azzal az üggyel, nagyon nehezen tud rugalmas lenni olyan kérdésekben, amelyeknek bármi köze van a teológiai küzdelmeihez. Szinte érinthetetlenekké válnak számára azok a kifejezések, amelyek a vitáiban fontos szerepet játszottak, legyen az „szabad akarat”, „korlátozott engesztelés”, a Biblia „tévedhetetlensége”, „Szentlélek-keresztség”, „karizmatikus”, „fundamentalista”, „kreacionista”, „evolúció” stb. Ezek a vezetők, miután beásták magukat egy lövészárokba, ritkán képesek rugalmasan fogadni, ha valaki más kifejezéseket használ, mint amiket ők megszoktak, vagy ha a számukra ismert (és fontossá vált) kifejezéseket valaki eltérő tartalmak megjelölésére használja. Athanasziosz nagysága abban állt, hogy több évtizedes bátor harca ellenére nyitottan tudta hallgatni azokat a testvéreit, akik máshogy beszéltek, mint ő.

Hadd mondjak egy példát Athanasziosz evangéliumi rugalmasságára. Aki csak felületesen ismeri a negyedik századi egyházon belüli törésvonalakat, azt gondolhatja, hogy minden igaz hívő (igaz hívő alatt most azokat értem, akik vallották Krisztus istenségét) Athanasziosszal együtt a Niceai hitvallást védelmezte. Az igazság ezzel szemben az, hogy sok nem-ariánus hívőnek gondja volt a „homousziosz” szóval. Két fő ortodox irányzat létezett abban az időben, amelyek egyaránt vallották Krisztus istenségét, de másképpen viszonyultak a Niceai hitvalláshoz. Az első irányzat a „homousziosz” hívei közül került ki, akik feltétel nélkül támogatták a Niceai hitvallást. Vezetőjük Athanásziosz volt. A másik irány a „homoiusziosz” formula támogatói közötti ortodoxokból állt, akik kritikával illették a Niceai hitvallást, mert az az „uszia” és „hüposztászisz” szavakat egymás szinonimáiként használta, és így utat nyitott a modalizmus előtt, mely szerint az Atya, a Fiú és a Lélek pusztán az Istenség három egymást követő megnyilvánulási formája. Ennek a második pártnak Ankürai Baszileiosz és Római Libériusz voltak a vezetői. A Niceai hitvallás hívei a „homoiusziosz” szó használatában viszont az ariánizmus veszélyes közelségét látták.

A kappadókiai görög teológusok (Cézáreai Baszileiosz, Nazianzoszi Gergely, Nüsszai Gergely) egy harmadik ortodox irányt képviseltek, mely közvetíteni igyekezett a két korábbi ortodox tábor között. Azt javasolták, hogy tegyenek végleg különbséget az „uszia” és a „hüposztászisz” szavak között (ezt a különbséget a Niceai hitvallás nem tette meg), és használják őket következetesen két különböző dolog megjelölésére. Mondják ki világosan, hogy Isten egy uszia, de három hüposztászisz. Ezt az új megközelítést kezdték új-niceai iránynak nevezni – szemben az Athanásziosz által képviselt ó-niceai iránnyal. A kappadókiai atyák alapvetően egyetértettek a Niceai hitvallással, csak a fogalmakat igyekeztek tisztábban használni, hogy az egyértelműen kizárja az ariánizmus mellett a modalizmust is.

Hogy ez nem pusztán elméleti, hanem az ortodoxok pozícióit alapvetően befolyásoló kérdés volt, azt mutatja a korabeli antiókhiai gyülekezet megosztottsága. Ebben az időben három külön pöspökség is volt a városban, melyek kölcsönösen kizárták egymást és magukat tekintették az igaz hit egyetlen képviselőjének. Ebből az egyik az Euzoiosz által vezetett ariánus püspökség volt, a másik kettő viszont az ortodox hitet képviselte. Paulosz volt az ó-niceai irányzat püspöke, Meletiosz az új-niceaiaké. Az ortodox erők tehát megoszlottak, és ez gyengítette a befolyásukat is. Athanásziosz és Róma az ó-niceai Pauloszt támogatta, de Paulosz nézetei modalista-gyanúsak voltak, ezért a kappadókiaiak Meletioszt támogatták. A tét az volt, hogy tudnak-e egyesülni az anti-ariánus keresztények.

Kr. u. 362-ben Alexandriában zsinatot hívtak össze, melyen részt vettek az ó- és új-niceaiak egyaránt. A zsinaton Athanásziosz elnökölt. Nemeshegyi Péter katolikus teológus így írja le a zsinaton lejátszódott eseményeket. „A zsinaton az új kappadókiai formulát támogató csoport és a niceai hit szóhasználata szerint ouszia és hypostasis között különbséget még nem tevő csoport kölcsönösen meggyőződött egymás helyes-hitűségéről. Atanáz először az új formulát támogató csoportot kérdezte meg, hogy miért beszélnek három ’hypostasis’-ról. Ők erre így feleltek: ’Mert hiszünk a Szentháromságban, mégpedig nem csak névbeli, hanem valóságosan létező Szentháromságban. Hisszük, hogy a Fiú valóban fennáll és létezik; hisszük, hogy a Szentlélek valóban fennáll és létezik. Valljuk a Háromságot, de az Istenség egy és a forrás egy. Hisszük, hogy a Fiú egylényegű (homoousios) az Atyával; hisszük, hogy a Szentlélek nem teremtmény, nem kívülálló, hanem a Fiú és az Atya lényegéhez tartozik és attól elválaszthatatlan.’ Utána Atanáz azokhoz fordult, akik eddig nem használták az új formulát és megkérdezte tőlük, hogy a homoousisos szót vajon szabelliánus [modalista] értelemben fogják-e fel. Ők ezt élénken tagadták, és megmagyarázták, hogy az ousia és a hypostasis szavakat eddig azonos értelmű szóként használták. Hiszik, hogy az Atya, a Fiú és a Szentlélek nem azonos egymással, de azért beszéltek az Isten egy hypostasis-áról, mert a Fiú az Atya lényegéből származik, és az isteni természet egy (Tomus ad Antiokhenosz 6-6). Így végre lezárult a nagy vita.” (A Szentháromság, 57-58.o.)

Athanásziosz érettségét és bölcsességét bizonyítja, hogy a teológiai szándékoknak adott elsőbbséget, nem a formuláknak. Athanásziosz belátta, hogy a kappadókiaiak véleménye tulajdonképpen az „egylényegű” hitvallást védte, a másik oldalon állók pedig elismerték, hogy így okafogyottá vált a „homoiusziosz” formula. Ez végső soron a Niceai hitvallás győzelmét jelentette az ortodoxok között. A félreértések tisztázódtak, az ortodox irányzatok közötti egység létrejött, az ariánus hit hanyatlása megkezdődött. Mindez nem történhetett volna meg az alexandriai püspök példamutató evangéliumi rugalmassága nélkül.