Dietrich Bonhoeffer a nemzetiszocialista nézeteket integráló „német keresztények” (Deutsche Christen) és az ökumenikus mozgalom közömbös viselkedése kapcsán tette fel annak idején a kérdést: „vajon hová tűnt a kereszténységből az eretnekség fogalma?” Ez a kérdés szorosan kapcsolódott a Hitvalló Egyház (Bekennende Kirche) létrejöttéhez. Az 1934-es barmeni szinódus elfogadta az eredetileg Karl Barth által fogalmazott Barmeni Deklarációt (vagy Barmeni Hitvallást), amely „hamis tanításnak” nevezte a „német keresztények” etikai álláspontját. A szakadás elkerülhetetlen volt. A hitvalló keresztények deklarálták, hogy az egyházat nem lehet a Führer és a nemzetiszocialista ideológia kiszolgálójává tenni, mert Jézus Krisztus az egyház ura és vezetője. Bonhoeffer is a Hitvalló Egyházzal tartott, és elvállalta a finkenwaldei lelkészképzés irányítását.
A szakadás idején Bonhoeffert különösen is foglalkoztatta, hogy az akkoriban szárnyait bontogató nemzetközi ökumenikus mozgalom vajon hogy tekint a két formációra. A Hitvalló Egyház célja az volt, hogy a „benácult” protestáns egyházat (Deutsche Evangelische Kirche) az ökumenikus mozgalom szervezetei is tekintsék hitehagyott egyháznak, és helyette a Hitvalló Egyházat fogadják el a német protestáns kereszténység legitim képviselőjének. Életrajzírója és legjobb barátja, Eberhard Bethge szerint a jó ökumenikus kapcsolatokkal rendelkező Bonhoeffer könnyen meg tudta volna nyerni a mozgalom rokonszenvét, ha az ügyet politikai síkra tereli, ő azonban az eretnekség oldaláról közelítette meg a kérdést, ahová a kérdés valójában tartozott. Ez pedig inkább elszigetelte őt; szinte egyedüli támogatója az a G. K. A. Bell anglikán püspök volt, aki később Bonhoeffer kivégzésének a hírét is közölte a világgal.
Az időközben belső megtérésen is átment fiatal teológus két tűz közé került. Bethge így foglalja össze Bonhoeffer sajátos helyzetét: „Teljes szívével a Német Hitvalló Egyházhoz tartozott, de mivel folyton a hegyi beszéddel foglalkozott, a Hitvalló Egyházon belüli testvérei egyre inkább kívülállóként tekintettek rá. Ugyanakkor ökumenikus barátai között, akik számára a hegyi beszéd elsődleges fontossággal bírt, azért lett idegen, mert ragaszkodott a Hitvalláshoz és hogy az eretnekséget meg kell tagadni.” (E. Bethge: Dietrich Bonhoeffer: A Biography, Fountain Books, 1970, 298). Ennek fényében különösebben nem csodálkozhatunk azon, hogy Bonhoeffer fokozatosan csalódott az egyházi struktúrákban, ez pedig hozzájárult ahhoz, hogy tevőlegesen részt vegyen a Hitler elleni összeesküvésben, majd börtönéveiben egyenesen egyfajta „vallástalan kereszténységről” kezdjen gondolkodni. Az olyan egyház, amely nem képes határozott nemet mondani az eretnekségre, hitelét veszti a társadalomban is.
Krisztológiai jegyzeteiben ezt írja: „Amikor a kritikai krisztológia a határok meghúzásával foglalatoskodik, valójában az eretnekség fogalmával dolgozik. Az eretnekség fogalma manapság azért tűnt el, mert nincs tanítói tekintély. Ez borzasztó hanyatlás. A mai ökumenikus zsinatozás minden, csak nem Zsinat, hiszen az ’eretnekség’ szót törölték a szótárukból. Nem lehetséges hitvallást tenni anélkül, hogy kimondanánk: ’Krisztus fényében ez igaz, ez pedig hamis!’ Az eretnekség fogalma szükségszerűen és visszavonhatatlanul hozzátartozik a hitvallás fogalmához. Egy Hitvalló Egyház tanításának szemben kell állnia a hamis tanítással. Az Ágostai Hitvallás teljesen világosan kimondja: ’Az Egyház elítéli.’ Meg kell jegyeznünk, hogy az eretnekség fogalma az Egyház közösségéből fakad, nem a szeretet hiányából. Csak akkor törődik az ember testvéri szeretettel a testvérével, ha nem tartja vissza tőle az igazságot. Ha nem mondom el neki az igazságot, úgy bánok vele, mint egy pogánnyal. Ha az enyémtől eltérő véleményen lévőnek az igazságot mondom, azt a szeretetet nyújtom, amellyel tartozom neki.” (Dietrich Bonhoeffer, Christ the Center, Harpers, 1978, 75-76).
Bonhoeffer gondolatai ma megint aktuálisak, hiszen antropológiai eretnekségek gyűrik maguk alá a nyugati keresztény egyházakat, köztük talán első helyen a lutheránus felekezeteket. A mai keresztények pontosan ugyanazt a hibát követik el, ha nem lépnek fel határozottan a hitet alapjaiban átíró tévtanokkal szemben, mint Bonhoeffer idejében. Természetesen nem mondhatjuk minden nézetkülönbségre, hogy eretnekség, az apostolok sem tették. De a hitvallás és az igaz ökumené szorosan összetartoznak, ahogy az ortodoxia és a katolicitás, az evangélium és az evangéliumiság is. Krisztusban nincs szeretet igazság nélkül, és nincs igazság szeretet nélkül. A hitvallás néven nevezi az eretnekséget, és ha kell, a mi korunkban is világosan kimondja: ’Az Egyház elítéli.’ Mert ha ezt nem teszi, nincs benne valódi szeretet, és végül Isten ítélete alá kerül.
A protestantizmus szerint nincs az egyházban csalhatatlan tekintély, amely a Szentírás értelmét meghatározná. Sem az egyetemes zsinatok, sem a pápa. És ha nincs ilyen abszolút tekintély, akkor nem lehet megmondani, hogy pontosan mi az eretnekség. Ez az oka annak, hogy a protestantizmus létrejötte óta folyamatosan szakadozik (tudtommal ma már 2-3000 protestáns felekezet létezik), míg az ortodox kereszténység és a katolikus egyház egységes maradt.
Pont Bonhoeffer meg elítélte a nácibarát keresztények nézeteit eretnekkként – de közben ő maga is eretnek volt.